Le imprecisioni storiche del film Agora  sono diverse.

Alcune di esse sono: l'età di Ipazia (che risultava più prossima ai cinquanta o sessanta anni), la sua intuizione relativa ad un sistema celeste eliocentrico, l'invenzione dell'astrolabio e dell'idrometro e la maniera in cui morì, (testimonianze storiche riferiscono che fu fustigata a morte da una setta di monaci cristiani che dettero fuoco al suo corpo in una chiesa).

Sempre d'ambito finzionale risulta l'inserimento nel film dello schiavo Davo, del ferimento del padre di Ipazia Teone da parte dei cristiani, la prova di fede sui carboni ardenti da parte del monaco Ammonio, ed altre inesattezze: scene che sono state aggiunte al fine di aumentare la drammaticità della trama.

Ad ogni modo, la rappresentazione della realtà delle prime comunità cristiane relativamente è accurata .